Ngọa Vân tự nghĩa là “chùa nằm trên mây”. Trên núi Bảo Đài, ở độ cao hơn 700m so với mực nước biển, chùa có địa thế đẹp, tựa lưng vào đỉnh Ngọa Vân mây phủ, có hai dãy núi ôm vòng hai bên, phía trước có núi nhỏ làm án, phía xa là thung lũng với dòng sông Cầm uốn quanh.
Ngọa Vân tự được khởi dựng dưới thời Trần là nơi tu hành hóa Phật của đệ nhất tổ của Thiền phái Trúc Lâm – Trúc Lâm Điều Ngự Trần Nhân Tông và không ngừng được các đệ tử của ông tôn tạo và mở rộng thành một quần thể chùa tháp của Thiền phái Trúc Lâm trên núi Bảo Đài. Thời Hậu Lê nhiều công trình được tôn tạo. Kiến trúc của khu vực chùa có ba lớp. Trên cùng là Am Ngọa Vân. Trong am có bệ thờ, trên đặt tượng đồng Phật hoàng Trần Nhân Tông trong tư thế nhập Niết bàn.
Không chỉ lưu giữ những dấu tích về Phật hoàng Trần Nhân Tông, khu di tích Ngọa Vân còn là nơi có cảnh quan thiên nhiên nguyên sơ hùng vĩ. Nằm trong trên vòng cung Đông Triều, Ngọa Vân như được bao bọc, ôm ấp bởi những ngọn núi xanh mướt, trùng trùng điệp điệp. Đến với Ngọa Vân, ta có dịp được chiêm ngưỡng những cây thông trăm tuổi, đường kính vài người ôm; những rừng trúc bạt ngàn. Núi Bảo Đài sừng sững, đứng trên đỉnh bảo đài hay đỉnh Đá Chồng du khách có thể phóng tầm mắt bao quát đến Bạch Đằng giang lịch sử và vịnh Hạ Long mênh mông.
Tháng 8 năm 1299, Thượng hoàng Trần Nhân Tông xuất gia vào núi Yên Tử tu hành khổ hạnh, lấy hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà, rồi đổi thành Trúc Lâm Đại sĩ; sáng lập lên dòng thiền Trúc Lâm Yên tử. Tháng 5 năm 1307, Trúc Lâm đại sĩ dựng một am trên ngọn Ngọa Vân, núi Bảo Đài làm nơi tu hành và gọi là Am Ngọa Vân; Ngày mồng 1 tháng 11 (Âm lịch) năm 1308, tại Am Ngọa Vân Ngài an nhiên nhập Niết bàn. Vị trí nơi Ngài nhập Niết bàn nay là am Ngọa Vân. Sau khi Phật Hoàng hóa Phật, Pháp Loa – tổ thứ hai của Thiền Phái trúc Lâm, tổ chức hỏa thiêu ngay tại Ngọa Vân, thu hàng nghìn viên xá lỵ. Một phần xá lỵ được tôn trí trong bảo Tháp Phật Hoàng tại Am Ngọa Vân. Ngọa Vân là nơi Phật Hoàng hóa Phật và cũng là nơi lưu giữ thánh tích, thánh địa của Phật giáo Trúc Lâm.
Là nơi lưu giữ nhiều thánh tích của Phật giáo Trúc Lâm; cảnh sắc thiên nhiên tươi đẹp “cổ tích danh lam núi cao sừng sững, ngàn dặm dăng dăng, thăm thẳm điệp trùng”, nơi đây mỗi độ xuân về, nhất là sau ngày khai hội mồng 9 tháng Giêng đã thu hút hàng nghìn du khách thập phương hành hương về chốn tổ, chiêm bái thánh tích của Phật Hoàng, cầu phúc cầu tài cho bản thân, gia đình và người thân một năm an lạc, đắc tài sai lộc.
Việc hành hương về Ngọa Vân giờ đã có nhiều thuận lợi, du khách có thể đi bộ men theo suối Phủ Am Trà dài gần 3km, leo hơn 1000 bậc để được hòa mình vào cảnh sắc thiên nhiên và cảm nhận cung bậc cảm xúc của những vị chân tu đã từng tu hành khổ hạnh tại Ngọa Vân hoặc bạn có thể thư thái thưởng lãm cảnh quan chốn bồng lai từ 54 ca bin của tuyến cáp treo Ngọa Vân dài hơn 4km để được thỏa thích ngắm nhìn cảnh quan hùng vĩ, ngàn dặm dăng dăng; chiêm ngưỡng hàng trăm loài hoa đang khoe sắc dưới chân mình và hít sâu bầu không khí trong lành, ngọt lịm của miền cảnh Phật, cõi Tiên cho lòng thư thái, nhẹ nhàng như làn sương nhẹ lướt trước mặt.
Ngoài dịp lễ hội, vào các ngày mồng một (ngày sóc), mười rằm (ngày vọng) hằng tháng Nhà chùa tổ chức khóa lễ “Sám hối”. Những ngày này, du khách và Phật tử thập phương tụ tập về Ngọa Vân để cùng các vị Tăng lễ Phật, sám hối cầu nguyện bỏ dữ làm lành sửa đổi thân tâm.
Khách hành hương lên đỉnh Ngọa Vân, vào am Niết Ban, dâng hương, chiêm bái Phật Hoàng, vẳng bên tai lời huấn thị Vui đạo giữa đời của Phật Hoàng để chợt ngộ ra rằng, Phật không ở đâu xa, Phật ở trong tâm của mỗi người. Tự mình kiên trì tu học ắt đạt được tuệ giác, để tự mình giải thoát cho mình.
Ở đời vui đạo, hãy tùy duyên
Đói đến thì ăn, mệt ngủ liền.
Trong nhà có báu thôi tìm kiếm
Đối cảnh vô tâm, chớ hỏi thiền.
Leo lên đỉnh Bàn Cờ, ngửa mặt lên đón từng làn mây mây mỏng nhẹ lướt mang theo hơi lạnh xóa tan cái nóng nực của mùa hè, phóng tầm mắt ngằm nhìn những dãy núi như những lớp sóng cuộn cuộn gối đầu đổ về đình Ngọa Vân để chợt hiểu tại sao những dãy núi ấy lại được gọi là núi Vây Rồng, lại nghe đâu đó vọng về:
Đất vắng, đài thêm cổ,
Ngày qua, xuân chửa nồng.
Gần xa, mây núi ngất,
Nắng rợp, ngõ hoa lồng.
Muôn việc nước trôi nước,
Trăm năm lòng nhủ lòng.
Tựa hiên, nâng sáo ngọc,
Đầy ngực ánh trăng trong.
Bỗng thấy mọi ưu phiền trôi biến,
lòng nhẹ nhàng như làn mây!